Um dos principais problemas enfrentados hoje pelos laboratórios que realizam imuno-histoquimica é a obtenção de tecido do arquivo, adequado para uso como controle. Isto deve-se a heterogeneidade na expressão dos biomarcadores, artefatos de fixação, raridade de sua expressão ou apenas indisponibilidade do material. Atualmente, alguns laboratórios utilizam um controle por bateria de coloração, entretanto, em geral, as plataformas totalmente automatizadas realizam o protocolo de forma individualizada. Portanto, o uso de controles específicos por lâmina é uma prática recomendada, pois reflete exatamente o que acontece com cada uma individualmente.